Nagybátyja, Horváth Boldizsár egykori igazságügyi miniszter házában került közel a művészetekhez, kislányként Liszt Ferenc jelenlétében szavalta el Vörösmarty Mihálynak a zeneszerzőhöz írt ódáját. 1874-ben korengedéllyel lett a Színművészeti Akadémia hallgatója, s már diplomája kézhez vétele előtt egy évvel, 1877-ben szerződtette a Nemzeti Színház. Júliaként lépett először színpadra az ország első társulatában, s összesen 17 Shakespeare-hősnőt játszott el, volt egyebek között Ophelia, Desdemona, Kleopátra, Lady Macbeth.

Naivából lett ünnepelt drámai színésznő, egyformán remekelt klasszikus és kortárs drámákban, A kaméliás hölgy címszerepét harminc éven át játszotta.

Ő volt az első Tünde a Csongor és Tündében, az első Noémi Jókai Aranyemberében és az első Nóra a magyar színpadon. Utóbbi szerepében állítólag annyira zseniális volt, hogy az egyik előadást megtekintő Ibsen - jóllehet a szövegből semmit nem értett -, azt mondta: "mind között a legjobb Nórám". Az ember tragédiájában Hippia és Éva is volt, s eljátszotta a Bánk bán mindhárom jelentős nőalakját, Izidórát, Melindát és Gertrudist. Nagy riválisával, Jászai Marival stílszerűen a Stuart Máriában voltak együtt a színpadon: a címszerepet Márkus, ellenfelét, Erzsébet királynőt Jászai adta.

Festői termete, erőteljes, de karcsú alakja, mély zengésű, minden érzelmet szenvedélyesen átadó színes hangja, imponáló fellépése, divatteremtő öltözködése európai rangú művésznővé tette. Fénykorában nőként ellenállhatatlan volt, de még túl az ötvenen is azt írta róla Csathó Kálmán: "ebben az időben még nem volt öreg, bár már régóta volt fiatal". Pályája elején erőteljes tájszólása volt (Szombathelyen született), mégis egyik legszebben beszélő színésznőnk vált belőle. Szeretett verseket mondani, legszívesebben Shakespeare szonettjeit és Ady Endre költeményeit szavalta. 1901-ben ő is szerepelt A tánc című első önálló magyar némafilmben.

Első férje Pulszky Károly, az Országos Képtár művészettörténész-igazgatója volt, külföldi utazásaik alkalmával megtanult németül, angolul és franciául (kisebbik lányuk, Romola a híres balettzseni, Nizsinszkij felesége lett). Pulszky halála után Párdány Oszkárhoz ment feleségül, akivel több mint 40 évig élt együtt. Férje igyekezett megkímélni a mindennapi gondoktól, így a színháznak szentelhette egész életét.

Pályafutása hét évtizeden ívelt át, utolsó bemutatójára 80 évesen került sor, színpadon utoljára hat évvel később, a Magyar Színházban ált. 1921-ben Greguss-díjat kapott, 1928-ban a Nemzeti Színház örökös tagjává választották, a Színiakadémia tiszteletbeli tanára lett. 1930-ban az elsők között kapta meg a Corvin-koszorút, az akkori legnagyobb magyar művészeti elismerést.

Márkus Emília 1949. december 24-én halt meg Budapesten. Egykori villájában, Budapest II. kerületében a Szabó Ervin Könyvtár egyik fiókja működik, a Bajor Gizi Színészmúzeumban önálló szoba őrzi emlékét.