1922-ben született Azinhaga-ban, egy kis portugál faluban. 1924-ben családja a szegénység elől Lisszabonba költözött. Géplakatosnak tanult egy szakiskolában, ahol kiváló irodalmi oktatás folyt. 1939-től egy kórházban géplakatosként dolgozott, de irodalmi érdeklődése egyre erősödött, a portugál történelem foglalkoztatta. 1944-ben megházasodott, egy lánya született. Az 1950-es évek közepétől értelmiségi körök közelébe kerülve kiadóknál kéziratok lektoraként dolgozott, kezdett maga is írogatni, eleinte verseket, cikkeket, krónikákat, majd regényeket, amelyek által híres lett.

1969-ben tagja lett a portugál kommunista pártnak, társadalmi funkciókat vállalt, minisztériumban dolgozott, majd lapigazgató lett a Diário de Notícias c. napilapnál, ahonnan 1975-ben elbocsátották. 1976-tól kizárólag fordításból élt és sorra jelentette meg saját műveit. A világban sokat utazott, előadásokat tartott.

1988-ban nősült másodszor, egy spanyol újságírónőt vett feleségül. 1993-ban elhagyta Portugáliát, mert a parlament tiltakozása miatt nem kaphatta meg az Európai Irodalmi Díjat. A Kanári szigetekhez tartozó Lanzarotén telepedett le, ahol jelenleg is él. 1998-ban megkapta az Irodalmi Nobel-díjat.

1977-ben írta saját bevallása szerint regénykísérletét, a Festészeti és szépírási kézikönyv (Manual de Pintura e Caligrafi) c. alkotását. E regénye első megjelenésekor nem keltett feltűnést, de később nagyon fontossá vált, mivel az író bemutatja, hogyan lesz egy emberből művész, milyen eszközök segítségével dolgozik a festő és az író. Valójában saját íróvá válásának naplója e mű, ezáltal bepillantást nyerünk a szerző műhelyébe, az írói technikák elsajátításainak titkaiba.

1980-ban megjelenő regényéért, Fölemelkedve a földről (Levantado do Chão), megkapta Lisszabon Város Díját. Ezzel a regénnyel kezdődött meg Saramago ún. történelmi regény ciklusa, de nem a történelmi regény hagyományos nyomdokain haladt. Történelmi regényeit úgy írta, hogy kiválasztotta a portugál történelem egy-egy jeles eseményét, s nem magát is a múltba helyezve szemlélte az eseményeket, hanem tudatosan törekedett arra, hogy elfogultan saját korának szemszögéből tekint vissza a múltba. Idézett regényében a 20. század első felének alentejói parasztmozgalmait jeleníti meg ezzel a módszerrel.

Az 1981-ben megjelenő műve, Utazás Portugálián át (Viagem a Portugal) lírai útinapló hazájáról. 1982-ben megjelent A kolostor regénye (Memorial do Convento) című művével vált igazán híressé. E művében a 18. század elejének nagy építkezését, a mafrai kolostor felépítésének eseményeit eleveníti fel. A mafrai kolostor költséges építkezése érdekében mozgósították az egész országot és tömegeket sodortak a nyomor határára.

1984-ben a Ricardo Reis halálának éve (O Ano da Morte de Ricardo Reis) című regényéért a portugáliai P.E.N. Club díját kapta. E regényében Portugália 1936-os esztendejére tekint vissza. Történelmi regény ciklusának utolsó, legjelesebb műve 1989-ben jelent meg Lisszabon ostromának históriája (História do Cerco de Lisboa) címen. Utólag a portugál nemzeti öntudat ébredése időszakának is tekinthető 1147-es esztendőt idézi fel, amikor a portugálok önerejükből visszafoglalták Lisszabont a móroktól.

Művei gyakran az utópia és a fantasztikum határán mozognak, tipikus példája a Kőtutaj (Jangada de Pedra) c. történet 1986-ból, amely az Ibériai-félszigetet ábrázolja csodás események közepette. Az Ibériai félsziget leválik az európai kontinensről, s mintegy történelmi küldetést teljesítve tovaúszik az Atlanti-óceánon, hogy a híd szerepét töltse be az Óvilág és a portugálok által felfedezett új világ között. A csodás elemek Samarago minden művében fontos szerepet kapnak, általuk mintegy tiltakozni látszik a hagyományos történelemfelfogás ellen.

1991-ben Jézus élettörténetének (Jézus Krisztus evangéliuma)[1] újraírásával különösen jó lehetőséget teremtett magának az író a csodás elemek megjelenítésére. Ugyanez vonatkozik 1995-ben megjelent Vakság (Ensaio sobre a Cegueira) c. művére, amelyben azt ábrázolja, hogy egy különleges kór az embereket megfosztja látóképességüktől, s az addig ismert utat elveszítve nyomorúságos körülmények közt vegetálnak a világban. (E művét, Don McKellar forgatókönyve alapján, azonos címmel Fernando Meirelles filmesítette meg, a filmet 2008-ban mutatták be). 2002-ben megjelent Embermás (O Homem Duplicado) c. regénye a klónozott emberek világába vezeti be az olvasót.

Magyarul legutóbb Az elefánt vándorútja című regénye jelent meg az idei Könyvfesztiválra.