Bojtár Endre 1940-ben született Budapesten, 1963-ban az Eötvös Loránd Tudományegyetemen szerzett diplomát, majd a Magyar Tudományos Akadémia Irodalomtudományi Intézetének munkatársaként először a kelet-európai irodalmak összehasonlító történtével, aztán irodalomelmélettel foglalkozott. 1986-tól az intézet közép- és kelet-európai irodalmi osztályának vezetője volt. 1977 és 1980 között a József Attila Tudományegyetemen közép-és kelet-európai irodalomtörténetet adott elő. 1988-tól a 2000 című folyóirat szerkesztőjeként is ismertté vált. 

A cseh és lengyel neostrukturalizmus ösztönzésére főként az irodalmi mű jelentésének és értékének kérdésével és az irodalomtörténet elméleti és módszertani problémáival foglalkozott. Megalapozta a magyarországi baltisztika-kutatást. Lengyel, litván és más közép- és kelet-európai alkotók műveiből antológiákat állított össze, számos cseh, lengyel, litván, szerb, orosz, ukrán mű fordítója volt. 

1976-ban az irodalomtudomány kandidátusa, 1999-ben az MTA doktora lett. Munkásságának elismeréseként 2001-ben a litván köztársasági elnök Gediminas Érdemrenddel tüntette ki, 2006-ban József Attila-díjat kapott, 2010-ben Széchenyi-díjjal tüntették ki alapvető irodalomelméleti és baltisztikai munkásságáért.