Shorter 1933. augusztus 25-én született a New Jersey állambeli Newarkban. Apja gyermekkorától "hajtotta" őt a zenei pálya felé, így szaxofonos lett, míg testvére a trombitát választotta. A tenorszaxofon mellett a hatvanas évek végétől a szopránszaxofonon is játszott.

Fiatal éveiben először Horace Silver és Maynard Ferguson együtteseiben bontogatta szárnyait, az első komoly kihívásként 1959-ben Art Blakey együttesébe, a Jazz Messengerbe került. Öt évig maradt a zongoristából dobossá lett kitűnő muzsikus társa.

Pályafutásának következő állomása Miles Davis együttese volt, az éppen saját útját kereső és ezért távozó John Coltrane ajánlotta be maga helyett. Sokak szerint Miles Davisnek éppen az volt a legerősebb csapata, amelyikben Wayne Shorter játszott hat éven át. Nemcsak hangszeres zenészként, hanem szerzőként is kiemelkedő teljesítményt nyújtott. A Miles Davis-korszakban született szerzeményei közül a szakmabeliek a Prince of Darknesst, a Footprintst, az ESP-t és a Sanctuaryt emelik ki a jazzrajongók és a szakmabeliek. Utolsó közös felvételei Miles Davisszel 1970-ben születtek.

Miközben Davis zenekarának a tagja volt, készített jónéhány saját felvételt is a Blue Note kiadó számára. Közben több rangos zenész mellett játszott, többek között Freddie Hubbard, Donald Byrd, McCoy Tyner és mások együttesében.

Az 1970-ben megjelent Odyssey of Iska című albumát követően Shorter csatlakozott a Weather Reporthoz, minden idők legjobbnak tartott jazz-rock fúziós együtteséhez. Zawinul mellett ő volt az egyik vezetője a zenekarnak. Az együttesnek a hetvenes évek közepéig maradt igazán aktív tagja, azután egyre inkább saját útján haladt.

A későbbi évek során készített lemezt Herbie Hancockkal és Milton Nascimentóval, koncertezett a V.S.O.P együttessel, Marcus Millerrel, s túlmerészkedett saját műfaji határain:
dolgozott Steely Dannel, Carlos Santanával és Joni Mitchellel.

Jelenleg is működő együttesét 2000-ben alakította. Az utóbbi évei különösen termékenyek voltak High Life című albumáért Grammy-díjat kapott, akárcsak a a 2003-ban megjelent Algriáért vagy az 2005-ben megjelent Beyond The Sound Barrierért.

Wayne Shorter saját formációival több mint húsz albumot készített. Összesen kilenc Grammy-díjat őriz vitrinjében, amelyek közül hat személyesen az övé.

Wayne Shorter tavaly nagy sikert aratott a Veszprémi Ünnepi Játékokon.