A német eredetű Perczel család bonyhádi ágából származott. Hatéves korától tíz éven át Vörösmarty Mihály volt a nevelője, az ő hatására fejlődött ki hazafias és demokratikus érzése.

A hadapródiskolából 1830-ban kicsapták, mert szabadcsapatot próbált szervezni a lengyel szabadságharc támogatására, a hadbíróságtól csak származása mentette meg. Ezután Tolna megyében volt szolgabíró, e hivatalából 1839-ben felfüggesztették, mert választás idején elfoglalta a megyeházát. 1843-tól országgyűlési követ volt, és hamarosan az egyik legradikálisabb politikusként tartották számon.

Az 1848-as forradalom után, júniusban képviselővé választották, a baloldali ellenzék soraiból fáradhatatlanul ostorozta a kormányt. Szeptember elején Batthyány Lajos miniszterelnök szabadcsapat szervezésével bízta meg, a Jellasics József elleni harcokban ezredesként vett részt.

A pákozdi csata után az ellenséges tartalék elleni műveleteket irányította, az ozorai csata után tábornokká léptették elő.

Decemberben a túlerőben lévő Alfred Windisch-Graetz elől hátráló, Görgey Artúr vezette fősereghez rendelték. Ő Kossuth Lajos biztatására december 30-án Mórnál csatát vállalt, és katasztrofális vereséget szenvedett.

Hadteste ezután a védhetetlenné vált főváros kiürítését biztosította, majd a Tiszán átkelési lehetőséget jelentő Szolnokot kellett volna tartania.

Perczel előbb visszavonult, majd január végén ellentámadást indított, és egészen Ceglédig nyomult előre. Nem sokkal később az új fővezérrel, Dembinszky Henrikkel támadt vitája miatt lemondott, kárpótlásul kitüntették és a bácskai hadtest élére nevezték ki.

Délvidéki hadjárata során sikeresen hadakozott, Bem Józseffel együttműködve a Temesközt is felszabadította. Görgey fővezéri kinevezését nehezen emésztette meg, így az a június 7-i vesztes kátyi csata után leválttatta. Perczel ezután a közép-tiszai sereg parancsnoka lett, de miután - ismét megtagadva a parancsot - csatába bocsátkozott az oroszokkal, e tisztségéből is menesztették.

A továbbiakban önkéntesként harcolt, a vereség után pedig Törökországba emigrált.

1851-ben távollétében halálra ítélték, és jelképesen kivégezték.

A következő években Jersey szigetén élt nyomorban és betegségben, miközben szinte valamennyi emigráns társával összeveszett. 1859-ben a piemonti-osztrák, majd 1866-ban a porosz-osztrák háború idején részt vett a magyar légió szervezésében, de nem sokáig, mert ismét csak mindenkivel konfliktusba került.

A kiegyezés után (amelyet csak Kossuth-ellenessége miatt támogatott) hazatért, és Zalaegerszegen képviselőnek választották. Népszerűsége azonban rohamosan csökkent, ezt érzékelve 1870-ben szülővárosába vonult vissza, é megírta emlékiratait. A családját ért szerencsétlenségek miatt megtört lélekkel hunyt el 1899. május 23-án.

Perczel katonai előképzettség nélkül lett tábornok, ami meglátszott teljesítményén. Saját bevallása szerint is nehéz természetű ember volt, önmaga szerepét túlértékelte, kudarcaiért mindig másokat hibáztatott.

A honmentésre egyedül magát tartotta alkalmasnak: "Jaj, ezerszer jaj a magyar fajnak, mert vélem és bennem az igazság temettetik el" - írta magáról.