Vendéglőscsaládból származott, eredetileg Németh Lajosnak hívták. Első irodalmi publikációi után vette fel anyai nagyanyja szülőfalujának nevét, s Szakonyi néven lett ismert író.

Számos foglalkozásba belekóstolt, volt segédmunkás, csomagoló, raktáros, anyagbeszerző és kocsikísérő, a Belügyminisztérium polgári alkalmazottja, betanított munkás a Zuglói Kötöttáru Gyárban, majd a Dekorációs Vállalatnál rézkarcügynök, betegellenőr az SZTK-nál.

E változatos pálya bőséges élettapasztalatot és alapos emberismeretet szolgáltatott a későbbi művek számára.

Első novellája 1958-ban a Népszabadság egyik decemberi számában jelent meg Kuzmics fusizik címmel, ezután több lap is közölte írásait, s 1961-ben első novelláskötete, a Középütt vannak a felhők is napvilágot látott.

Első drámaírói sikere a Nemzeti Színházhoz fűződik, 1963-ban itt mutatták be az Életem, Zsóka című drámáját Domján Edittel, Sinkovits Imrével és Kállai Ferenccel a főszerepben. Az emberi tisztesség és a megalkuvó magatartás konfliktusát feldolgozó darab nagy sikert aratott, mintegy kétszázszor játszották, eljutott külföldre is.

Szakonyi Károly több évtizeden keresztül dramaturgként tevékenykedett, a Nemzetin kívül dolgozott a miskolci, a győri, a pécsi és a debreceni színházban is. Elkészítette kedves írói, Dosztojevszkij és Turgenyev több művének színpadi adaptációját, emellett számos saját színművel gazdagította a magyar drámairodalmat.

Nagy siker volt az emberi elidegenedés, az elszigeteltség veszélyét megjósló Adáshiba, amelyet számos nyelven játszottak Európában, sőt opera is készült belőle. Hasonlóan sikeres volt a groteszk hangvételű Hongkongi paróka és A hatodik napon című darabja is.

Igen népszerűek a saját ifjúkori élményeit, az értelmiség útkeresését, az emberi kapcsolatok mikrovilágát ábrázoló prózakötetei (Porcelán baba, Francia tanya, A prágai szerelmesek, Céllövölde).

Televíziós játékaiból is megjelent válogatáskötet Harmincnégy ember címmel, hangjátékait tartalmazza a Turini nyár című kötete. 1984 és 1990 között a Magyar Nemzet munkatársaként elsősorban tárcákkal jelentkezett, amelyek az Ember az alagútban című kötetében is megjelentek.

Örömmel vesz részt az irodalmi élet szervezésében is, tagja a Magyar Írószövetségnek és az Irodalmi Alapnak, 1996-tól részt vesz a Magyar Művészeti Akadémia munkájában, tagja a Francia Drámaírók Szövetségének, 2005 óta a hazai Drámaíró Kerekasztal elnöke.

Munkásságának elismeréseként 1970-ben József Attila-, 1974-ben Gábor Andor-, 1995-ben Literatúra-, 1997-ben Kossuth-díjat vehetett át, emellett 1991-ben megkapta a Magyar Köztársasági érdemrend középkeresztjét, 2003-ban a Magyar Művészetért Díjat, 2010-ben a Szépírók Társaságának díját. 2011-ben a Prima Primissima díj egyik jelöltje.

Szakonyi Károly a női nem nagy tisztelője, a párkapcsolatok, a szerelmi játszmák ismerője és - számos művében - ábrázolója ötször nősült, első házasságából egy lánya, a negyedikből pedig két fia született.