Champagne tartományban, Chateau-Thierry településen látta meg a napvilágot jómódú hivatalnokcsaládban. 1641-ben, szülei óhajának engedve Párizsba ment egy papi iskolába, de hamar rájött, hogy a szerzetesi élet nem neki való, és másfél évvel később elhagyta az intézményt.

Ekkor jogi tanulmányokba fogott, és 1649-ben diplomát is szerzett. Még egyetemi évei alatt feleségül vette az akkor 14 és fél éves Marie Héricart-t, aki csinos hozományt vitt a házasságba, így anyagi gondjaik nem voltak. 1653-ban megszületett egyetlen gyermekük, Charles, ám néhány évvel később, 1658-ban elváltak.

La Fontaine 1652-ben megörökölte apja hivatalát, "a vizek és erdők felügyelője" lett. Amikor azonban csak ideje engedte, Párizsba utazott, ahol társaságokban forgott, kapcsolatokat épített ki.

1657-től támogatói közé tartozott a gazdag pénzügyminiszter Nicolas Fouquet, neki ajánlotta egyik legszebb költeményét, az Elégia a vaux-i nimfákhoz címűt. La Fontaine Fouquet kegyvesztettsége után is hű maradt támogatójához, ezzel azonban sikerült kivívnia XIV. Lajos és az új pénzügyminiszter, Colbert haragját, amely soha nem is enyhült meg a költő irányában.

1672-ben szülőhelyét és hivatalát is elhagyva végleg Párizsba költözött, ahol már csak az irodalomnak szentelte életét. 1673-tól Madame de la Sabliere házában élt, akinek szalonja tudósok, filozófusok és írók nevezetes találkozóhelye volt.

Az asszony halála után az Hervard házaspár vette pártfogásába a költőt, aki a társaságok kedvelt alakja lett, sok jóakarója volt az udvarban és a nemesség körében is. Otthonosan mozgott mindenhol, de legjobban a "hasonszőrűek", az írók társaságát szerette. 1684-ben a Francia Akadémia tagjai közé is beválasztották.

A különc, ám mégis népszerű és közkedvelt költő 74 éves korában, 1695. április 13-án halt meg Párizsban.

Életművének csúcsát meséi jelentik, amelyek 1668 és 1693 között 12 kötetben jelentek meg. A mesék tartalmát, témáját nem ő találta ki, sokat merített Aiszóposz hagyatékából, illetve a kelet-ázsiai mesekincsből. Miniatűr drámákat és komédiákat írt, fordulatos cselekménnyel, jól jellemzett figurákkal.

Meséiben nagyrészt állatokat szerepeltet, olyan rájuk jellemző vonásokkal, amelyekből emberi tulajdonságok rajzolódnak ki, és többnyire az emberi gyarlóságok bírálata olvasható ki belőlük. Állítólagos lustasága ellenére igen termékeny szerző volt, írt sokféle alkalmi verset, drámát és prózai műveket is, például a könnyedén olvasmányos Pszükhé és Cupido szerelmei című regényt, valamint a frivol és erotikus Sólyom, illetve A szerelmes kurtizán című elbeszéléseket.

Magyarra már a XVIII. századtól ültették át meséit, a XX. században pedig Kosztolányi Dezső és Radnóti Miklós fordította az általuk is szeretett és nagyra becsült költő műveit.